L’obiettivo che don Bosco si pose fin dal 1846 era preciso: «Adoperarsi per fare buoni cittadini in questa terra, perché fossero poi un giorno degni abitatori del cielo». Egli non rinnegò mai la sua scelta anche quando il «buon cittadino» del Regno di Sardegna divenne quello di un Regno d’Italia ostile alla Chiesa: «Mentre mi professo sacerdote cattolico ed affezionato al Capo della Cattolica Religione, mi sono pur sempre mostrato affezionatissimo al Governo, per i sudditi del quale ho sempre dedicate le deboli mie sostanze e le forze e la vita». Inoltre la sua tranquillizzante strategia pastorale – «amore al lavoro, frequenza dei Sacramenti, rispetto ad ogni autorità e fuga dai cattivi compagni» – non poteva certo essere ostacolata da amministrazioni cittadine e apparati statali, preoccupati com’erano dall’ordine sociale dell’epoca. Superate le turbolenze politico-religiose del biennio 1848-1849 con il rifiuto di aggregarsi a qualunque schieramento politico e con il deciso schierarsi in difesa della religione, don Bosco riprese la sua politica assistenziale ed educativa, sempre appoggiata dai vertici dello Stato come «opera benemerita della religione e della società», proprio mentre andavano approvando contestatissime leggi che avviavano il Paese alla modernizzazione laica dello Stato e alla sua divaricazione dalla Chiesa.
Negli anni Cinquanta, non schierandosi decisamente a favore delle innovazioni politiche ma neppure opponendosi direttamente e pubblicamente – anzi tentando congiuntamente con i fratelli Cavour di risolvere il caso dell’arcivescovo di Torino – il sacerdote evitò eccessive molestie e continuò ad essere in buoni rapporti con numerosi funzionari statali e ministri, che rispondevano ai suoi appelli di sussidi e indumenti e soprattutto gli affidavano orfani. I buoni rapporti si incrinarono ai primi passi dell’Unità d’Italia. Nel maggio-giugno 1860 – sei mesi dopo la fondazione della Società salesiana – don Bosco subì una durissima perquisizione poliziesca per sospette relazioni politiche con la Santa Sede e una severa ispezione scolastica per presunte inadempienze alle nuova legislazione scolastica.
Vigorosamente protestò con i rispettivi ministri, superò brillantemente la crisi e riprese con sempre crescente credito la sua attività di educatore, di responsabile di scuole e di laboratori, di pubblicista, di costruttore di chiese; allargò anzi il suo raggio di azione fuori Torino con l’accettazione di nuovi collegi. Nessuno – in quel decennio che vide acutizzarsi per la coscienza cristiana la «questione romana» – ignorava la fedeltà di don Bosco alla linea politica della Santa Sede; i politici non erano d’accordo con lui quando affermava la necessità, peraltro non assoluta, dello Stato pontificio per l’indipendenza del pontefice; intuivano che i connotati dell’«onesto cittadino» che don Bosco pubblicamente dichiarava di formare non erano gli stessi del «buon cittadino» del «loro» Regno d’Italia. Ma nonostante tali sue tendenze più conservatrici che democratiche, più paternalistiche che egualitarie, più clericali che laiche, forse proprio per esse fu coinvolto e si fece promotore nel decennio 1865-1875 di vari tentativi di politica ecclesiastica in vista di una soluzione dei due problemi che turbavano la vita politica e le coscienze religiose dei cittadini: la nomina dei vescovi alle sedi che ne erano prive per motivi politici e il conseguimento da parte loro delle cosiddette «temporalità».
In tale opera di privatissime mediazioni don Bosco ebbe modo di farsi apprezzare dai vari Cavour, Rattazzi, Ricasoli, Menabrea, Lanza, Vigliani, Minghetti, Cambray Digny… Alla cattolicissima moglie di quest’ultimo osò chiedere di informarsi circa la possibilità che il governo italiano potesse essere rappresentato al Concilio Vaticano! Di anni di volenterose trattative, solo parzialmente riuscite, restò lo sforzo generoso di don Bosco che – su e giù per Torino, Firenze e Roma – in nome del supremo principio «lex suprema, salus animarum», si era prestato per conciliare realisticamente le competenze e le responsabilità di entrambe le parti in causa. Nei secondi anni Settanta, dimenticati i sogni di restaurazione del Regno pontificio, cessata l’attesa di castighi divini sui «nemici della Chiesa» e con la sinistra storica al potere, più laicista e anticlericale della destra, in buona parte costituita da massoni, don Bosco non ebbe più occasione di intervenire in ambito di politica ecclesiastica, ma non rinunciò ad avere contatti. Nel 1878 ricevette personalmente dal ministro Crispi l’assicurazione che il governo avrebbe lasciato piena libertà alla Chiesa di procedere al conclave.
Con lo stesso statista siciliano discusse di metodi educativi, di carceri minorili e gli inviò un promemoria ispirato ai principi del suo noto sistema preventivo, ma adottabile da istituzioni educative laiche. Operava sempre allo stesso fine: «Tendere a giovare al buon costume e diminuire il numero dei discoli, che abbandonati a se stessi corrono grande pericolo di andare a popolare le prigioni. Istruire costoro, avviarli al lavoro, provvederne i mezzi, e dove sia necessità, anche ricoverarli, nulla risparmiare per impedirne la rovina, anzi farne buoni cristiani ed onesti cittadini, queste opere, dico, non possono non essere rispettate, anzi desiderate da qualsiasi governo, da qualsiasi politica». Nel 1900 il celebre criminologo Cesare Lombroso gli avrebbe dato ragione: «Gli istituti salesiani rappresentano uno sforzo colossale e genialmente organizzato per prevenire il delitto, l’unico anzi che si sia fatto in Italia».
